"Es passieren seltsame Morde in Tokyo. Durch Flüssigkeiten an den Tatorten beschließen die Polizisten, dass es sich um angriffe sogenannter Ghouls handelt. Die College Freunde Kaneki und Hide kommen auf die Idee, dass Ghouls Menschen ähneln und sie deshalb noch nie welche sahen. Sie ahnten nicht, dass sich ihre Theorie als wahr bewerkstelligen wird."

In der Geschichte von Tokyo Ghoul geht es um Ken Kaneki, der gerade so ein tödliches Aufeinandertreffen mit Liz Kamishiro überlebt, einer Frau, die sich als Ghoula herausstellt; eine menschenähnliche Kreatur, die Menschen jagt und deren Fleisch verzehrt. Ken wird mit lebensbedrohlichen Verletzungen ins Krankenhaus gebracht. Nachdem er sich wieder erholt hat, wird ihm klar, dass er durch eine Operation zum Halbghoul wurde und nun wie die Ghule Menschenfleisch verzehren muss, um zu überleben. Da er sonst niemanden hat, wird er von einer Gruppe Ghoulen aufgenommen, die das Café „Antik“ führen. Sie bringen ihm bei, wie er sein neues Leben als Halbghoul meistert, und erklären ihm viel über die Gesellschaft der Ghule, deren Fraktionen und dass er seine Identität vor anderen Menschen geheim halten muss.

Viel ist passiert in der Welt von Ken und seinen Freunden. Dinge die sie am liebsten vergessen würden, doch es ist ihnen einfach nicht möglich abzuschalten. Immer müssen sie auf der Hut sein um nicht der CCG übern Weg zu laufen. Niemand möchte schließlich sein Leben lassen sondern weiter Leben, wenn es auch andere Bedingungen sind, wie man annimmt. Doch auch andere Umstände kommen immer mehr zum Vorschein. Viele andere Bezirke machen sich aufm Weg zu ihnen um den Bezirk zu übernehmen. Sie haben ihren eigenen Bezirk schon so unter der Kontrolle, dass die CCG nur mühsam weiter kommt.

Immer mehr Menschen wird klar das die Ghoule unter ihnen leben und sich so verhalten wie normale Menschen. Die Lage in Tokyo ist daher sehr angespannt, was es den Ghoulen nur noch schwerer macht zu überleben. Auch wenn man es nicht für möglich gehalten hatte, tauchen seit kurzen immer häufiger Halbghoule auf die anscheinend Testobjekte einer Organisation sind um das Verhalten der Ghoule besser zu verstehen, aber auch um zu sehen ob Halbghoule zu ganzen werden können. Die Medien wissen jedoch noch nichts davon, doch seit kurzem häufen sich wieder die Morde auf der Straße woran Ghoule beteiligt ist. Wie das alles noch Enden wird kann wohl niemand vorhersehen, doch unsere Helden geben nicht auf, sondern kämpfen um ihr Überleben.